Faktor kelemahan diadakannya Ujian Nasional yang dianggap sakral itu adalah :

1.Depdiknas tidak profesional dalam mengadakan ujian nasional tersebut, karena informasi terbaru mengenai UN sering mendadak.

2.Perbedaan budaya, pola pikir, dan kualitas kehidupan di berbagai daerah akan berdampak pada mutu pendidikan setiap sekolah, jadi menstandarkan kualitas pendidkan lewat UN bukanlah langkah yang efektif namun justru menggambarkan keegoisan semata.

3.Hasil UN berlaku pada beberapa pelajaran saja dan hanya bersifat kognitif, sehingga tidak layak menjadi indicator mutu pendidikan. Pendidikan harusnya dilihat secara menyeluruh yang meliputi : non-akademis, proses, input, output (psikomotor).

4.Hasil UN tidak berdampak nyata, terutama pada peningkatan kualitas mengajar. Sehingga hanya seperti kegiatan rutin tahunan.

5.UN kurang mempunyai relevansi dengan seleksi untuk masuk perguruan tinggi. Perguruan tinggi justru meragukan hasil penyelenggaraan UN. Padahal dalam Peraturan Pemerintah No. 19 Tahun 2005 tentang standar nasional pendidikan Pasal 68 dinyatakan bahwa hasil UN digunakan sebagai salah satu pertimbangan untuk dasar seleksi masuk jenjang pendidikan berikutnya.

6.UN menjadi penentu kelulusan sangat tidak efektif karena yang berhak menentukan kelulusan adalah guru bukan pemerintah. Karena yang mengetahui perkembangan pendidikan setiap siswa adalah orang tua mereka di sekolah yaitu guru.

7.Ujian Nasional sering mengalami kecurangan. Seperti yang kita dengar banyak oknum yang mendalangi kecurangan tersebut, bahkan ada beberapa sekolah yang gurunya memberi kunci jawaban kepada muridnya . Kelulusanlah alasannya. Jika ada murid yang tidak lulus itu akan menyangkut nama baik sekolah. Bahkan yang lebih teragis adalah jika politik juga turut menggerogoti integritas dari kualitas pendidikan itu. Pemerintah setiap daerah berlomba meluluskan murid-murid kesayangan walau dengan cara yang kotor.